Sau ngày Phạm Môn biến tướng thành Phước Thiện, cơ quan nầy phát triển nhanh chóng nhớ vào những yếu tố hữu hình, âm thanh, sắc tướng đáp ứng sát với trình độ tâm lý của đa số nhơn sanh. Người ta dễ dàng cảm thấy hài lòng với những bộ đạo phục có màu sắc phân biệt đẳng cấp khác nhau, chỗ ngồi trước sau trong nội tâm Thánh Điện theo nghi lễ Triều Thiên.

Quyền hành phẩm tước, áo mão, lễ nghi tế tự theo thứ bậc tác động như những hình thức Thần Thánh hóa công đức của người tu, phô bày trước mắt nhơn sanh có một sức kích thích dây chuyền trong lòng người hơn là những chứng ngộ nội tâm im ẩn của hàng chơn tu.

• " Mình Thánh mình hiền mình biết lấy
  Tặng phong quá tiếng chớ nhờ ai " (TVDĐ )

Thập nhị đẳng cấp thiêng liêng của cơ quan Phước Thiện chính thức thành hình do Đạo Nghị Định số 48/ ĐNĐ ngày 19-10- Mậu Dần ( 10-12-1938 ) Đức Hộ Pháp và Đức Lý Giáo Tông đồng ký ban hành.

Quyền vạn linh công nhận qua Đạo Luật Mậu Dần 1938, Phước Thiện là một trong bốn cơ quan của tổ chức trong Đạo Cao Đài. Song song với sự phát triển hình tướng, tổ chức vấn đề tâm pháp trong lòng người chức sắc diễn tiến ra sao ? Bất luận hành đạo ở cơ quan nào Hành Chánh, Phổ Tế, Tòa Đạo, Phước Thiện……, khi chơn thần người chức sắc đã đạt đến tình trạng thu hút sự chú ý của Đức Hộ Pháp về phương diện huyền linh, họ sẽ được Đức Ngài quan tâm đặc biệt hơn và có dịp gặp gỡ chỉ dạy riêng về tâm pháp một cách kín đáo. Đức Ngài có năng khiếu tâm linh đặc biệt do Đức Chí Tôn khai mở ngay từ buổi đầu trong cuộc sống tu hành nên vấn đề nhận diện được những chơn thần tinh tấn còn trong thân xác con người là việc bình thường đối với Đức Ngài. Đối với người thường, hiểu được vấn đề nầy trên lý thuyết đã khó rồi nói chi đến việc thực hành, vận dụng con mắt siêu phàm ấy để tìm người mà độ. Năng khiếu tâm linh ấy mỗi người đều có trong trạng thái tiềm ẩn. Muốn vận dụng nó duy chỉ có cách tu hành thật nghiêm chỉnh và cao độ.

Kinh nghiệm của một vài vị chức sắc Hiệp Thiên Đài cho biết đi cúng trong tình trạng mỏi mệt vì thức khuya, có lần sau giờ cúng thời Tý bị Đức Ngài gọi đến nhắc nhở phải chuẩn bị nghỉ ngơi, ngủ sớm đừng để mệt mỏi như vậy. Vì khi nãy Ngài thấy chơn thần xấu quá ! Tốt cũng được thấy để nâng đỡ mà xấu cũng bị thấy để nghe quở rầy. Vấn đề tâm pháp bí truyền ai có sống gần gũi Đức Hộ Pháp mới hiểu được chuyện ấy không có gì là lạ.

Tuy nhiên cách thức khởi đầu công phu do Ngài chỉ dạy cho người nầy có thể không giống người kia vì tâm đức của họ chẳng đồng, nghiệp lực cá nhân khác nhau nhưng nguyên lý thăng hoa Tinh Khí Thần vẫn đồng nhất lý.

Những phương pháp khai mở năng khiếu tâm linh cũng được truyền dạy theo nguyên tắc riêng từng người. Chẳng hạn trường hợp một chức sắc Hiệp Thiên Đài được Đức Ngài tập luyện khiếu thần giao cách cảm bằng cách Ngài ở trên lầu Hộ Pháp Đường còn vị chức sắc kia ở tầng dưới. Ngài nói điều chi đó với vị chức sắc nầy và ông phải tập lắng nghe như trong trạng thái thông công với các Đấng bằng cách giáng tâm, xong rồi trình lại với Đức Ngài, kết quả ghi nhận được để xem mức độ chính xác đến đâu. Không khoe khoang, không tự ý chỉ lại những người khác những gì Đức Hộ Pháp đã mật truyền được coi là những đức tính cần thiết của loại sinh hoạt nầy.

Vì vậy vấn đề tu chơn truyền bí pháp tuy vẫn âm thầm tiếp diễn, nhưng nếu nhìn ở bề ngoài và nghe trong dư luận quần chúng dường như chìm trong quên lãng bên cạnh những ồn ào của sinh hoạt truyền giáo và kinh tế phước thiện.

Về phần lý thuyết tu chơn, năm 1947 Đức Hộ Pháp cho phổ biến " Phương Luyện Kỷ đặng vào con đường thứ ba Đại Đạïo " gồm 273 chữ. Đó là những chỉ dẫn có tính cách nguyên tắc cụ thể theo một lối sống mẫu mực của các bậc Thánh Tiên xưa truyền lại, được diễn tả một cách tân thời hợp với những từ ngữ quen dùng trong Đạo Cao Đài.

Các sách báo Đạo đều có phổ biến rộng rãi phương pháp nầy, thậm chí còn có một bản in thủ bút của Đức Hộ Pháp về phương luyện kỷ cùng với ảnh của Đức Ngài đang đứng ban phép lành để lộng vào khuôn kính treo nơi vách nhà nhiều tín đồ như là một hình thức nhắc nhở phải tập sống theo mẫu mực ấy.

Sau ngày Đức Hộ Pháp qui thiên các vị Thời Quân Chi Pháp và Chi Đạo còn lại tiếp tục chịu trách nhiệm về sinh hoạt tu chơn trong Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ, nhưng trên thực tế hoạt động của các vị nầy rất yếu ớt. Song song với sự suy thoái quyền lực hữu hình của Hiệp Thiên Đài về nhiều phương diện, trong đó có vấn đề truyền bí pháp huyền linh của Bát Quái Đài lại vượng lên dưới nhiều hình thức khác nhau, giống như tính chất linh thiêng trong những năm đầu của lịch sử Đạo Cao Đài. Con đường tu chơn của tín đồ tiếp diễn với một sắc thái khác có tính cách tự phát, kinh nghiệm của người đi trước giúp đỡ phần nào cho người đi sau, cộng với những chỉ dẫn do mặc khải nội tâm của cá nhân được ghi nhận đó đây trong hàng ngũ chức sắc vá tín đồ hữu công hữu đức.

Nếu như ngày xưa Đức Hộ Pháp còn tại thế, tâm lý của nhơn sanh trong lãnh vực tu chơn nầy đã trông cậy vào Ngài như một ngọn đèn sáng bảo đảm bườc đi không lạc lối, thì trong thời kỳ uy linh của Hiệp Thiên Đài mờ nhạt dần, đức tin của tín đồ về mặt huyền linh có tính chất tản mát theo từng nhóm do luật đồng thanh tương ứng đồng khí tương cầu, tùy duyên hóa độ và đe dọa trong tương lai có nhiều trường phái khác nhau mà mỗi phái hay mỗi xu hướng chỉ có khả năng làm sáng tỏ được một góc độ nào đó của triết lý Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ.